- через режим отладки (в Конфигураторе закладка Отладка, Запустить FabiusNet в режиме отладки),

- или через Дерево Конфигуратора

первым делом в самом Конфигураторе нужно выполнить Сохранение изменённой вами конфигурации из оперативной памяти на диск:

Описание конфигурации Configurate и содержимое проектов FabiusNet присутствуют, условно говоря, в трёх местах хранения:

ваша рабочая копия репозитория на рабочей станции,
данные под контролем программы Git (программа сравнения репозитория и его копий)
и репозиторий на сервере

Через SourceTree в обоих репозиториях (если, конечно, меняли оба) - голубые рамки на рисунке ниже - нужно выполнить
Закоммитить - положить свои изменения из собственной рабочей копии репозитория в данные Git,
затем Получить - взять данные из репозитория на сервере одновременно в данные Git и в свою рабочую копию,
затем Отправить - перенести данные Git в репозиторий на сервере: на этот момент в данных Git ваши изменения собственной рабочей копии репозитория (от Закоммитить) и только что скачанные изменения серверного репозитория (от Получить):

Теперь нужно
заново построить 3 основных проекта FabiusNet (тем самым реализуем изменения репозитория FabiusNet)
и заново создать поставку-конфигурацию (согласно изменениям репозитория Configurate)