Как сохранять свои изменения конфигурации

Если в конфигурацию внесены изменения

- через режим отладки (в Конфигураторе закладка Отладка, Запустить FabiusNet в режиме отладки),

- или через Дерево Конфигуратора

первым делом в самом Конфигураторе нужно выполнить Сохранение изменённой вами конфигурации из оперативной памяти на диск:

Описание конфигурации Configurate и содержимое проектов FabiusNet присутствуют, условно говоря, в трёх местах хранения:

ваш репозиторий на рабочей станции,
некие данные под контролем программы Git
и репозиторий на сервере

Через Source Tree в обоих репозиториях (голубые рамки на рисунке ниже) нужно выполнить
Закоммитить (положить свои изменения собственного репозитория в данные Git),
затем Получить (перенести данные из репозитория на сервере одновременно в данные Git и в свой рабочий репозиторий),
затем Отправить.