Как сохранять свои изменения конфигурации

Если в конфигурацию внесены изменения

- через режим отладки (в Конфигураторе закладка Отладка, Запустить FabiusNet в режиме отладки),

- или через Дерево Конфигуратора

первым делом в самом Конфигураторе нужно выполнить Сохранение изменённой вами конфигурации из оперативной памяти на диск:

Описание конфигурации Configurate и содержимое проектов FabiusNet присутствуют, условно говоря, в трёх местах хранения:

ваш репозиторий на рабочей станции,
данные под контролем программы Git (программа сравнения репозиториев)
и репозиторий на сервере

Через SourceTree в обоих репозиториях (голубые рамки на рисунке ниже) нужно выполнить
Закоммитить - положить свои изменения собственного репозитория в данные Git,
затем Получить - взять данные из репозитория на сервере одновременно в данные Git и в свой рабочий репозиторий,
затем Отправить - перенести данные Git в серверный репозиторий: на этот момент в данных Git ваши изменения собственного репозитория (от Закоммитить) и только что скачанные изменения серверного репозитория (от Получить):

Теперь нужно заново построить 3 основных проекта FabiusNet (тем самым реализуем изменения репозитория FabiusNet) и заново создать поставку-конфигурацию (согласно изменениям репозитория Configurate)